南通市第十六届人民代表大会代表名额为565名，市第十六届人大第一次会议召开时实有代表557名。

市第十六届人大第一次会议以来，海安代表团曹文斌，如皋代表团孙兴波，崇川代表团胡庚松，解放军代表团冯培洪等4名代表调离本行政区域；启东代表团邱少华，崇川代表团奚荣华等2名代表因工作变动辞去代表职务；如皋代表团贲娅男、陈永建等2名代表因个人原因辞去代表职务。根据《中华人民共和国全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表法》第四十九条的规定，以上8名市人大代表资格终止。至此，南通市第十六届人民代表大会代表实有549名，暂缺16名。

根据《中华人民共和国全国人民代表大会和地方各级人民代表大会选举法》有关规定，2022年11—2023年1月，分别在海安市、如皋市、启东市、崇川区人大常委会上补选了6名代表，他们是：钱旭东（海安市委常委、组织部部长、统战部部长）、张炎（市政府副秘书长，市信访局局长、党组书记，市委信访局局长）、朱桂华（市人民防空办公室主任、党组书记）、廖剑飞（市人大常委会人事代表委员会副主任）、姜宇敏（南通经济技术开发区党工委委员、组织部部长）、花冰（市消防救援支队党委副书记、支队长）。2023年1月，分别在如东县、通州区、海门区人民代表大会上选举了3名代表，他们是：陈威涛（团市委书记）、龚卫（通州区川姜镇人大主席）、施渠平（市交通运输局党委副书记、市港口管理局副局长）。

南通市第十六届人大常委会代表资格审查委员会对调离、辞职、选举、补选代表的代表资格进行了审查。经审查，市人大常委会代表资格审查委员会确认调离和辞职的8名代表资格终止，选举和补选的9名代表资格有效。审查结果向市第十六届人大常委会第八次会议进行了报告。

至此，南通市第十六届人民代表大会代表为558名，暂缺7名。