- 南通市发改委
- 南通市教育局
- 南通市科学技术局
- 南通市工业和信息化局
- 南通市民宗局
- 南通市公安局
- 南通市民政局
- 南通市司法局
- 南通市财政局
- 南通市人社局
- 南通市生态环境局
- 南通市住房和城乡建设局
- 南通市市政和园林局
- 南通市城管局
- 南通市交通运输局
- 南通市水利局
- 南通市农业农村局
- 南通市商务局
- 南通市文化广电和旅游局
- 南通市卫健委
- 南通市退役军人事务局
- 南通市应急管理局
- 南通市审计局
- 南通市人民政府外事办公室
- 南通市国资委
- 南通市行政审批局
- 南通市市场监督管理局
- 南通市体育局
- 南通市统计局
- 南通市医疗保障局
- 南通市信访局
- 南通市国防动员办公室
- 南通市地方金融监督管理局
- 南通市机关事务管理局
- 南通市供销合作总社
- 南通市大数据管理局
- 南通市公共信用信息中心
- 南通市公共资源交易中心